Після відступу Червоної Армії з Молдавської РСР одними з перших заходів органів безпеки з боку румунської адміністрації були виявлення та розслідування злочинів, скоєних радянським режимом у Бессарабії протягом року окупації.
Близько 1000 мертвих тіл було виявлено в різних братських могилах у підвалах, на внутрішніх подвір’ях чи в закинутих колодязях біля повітового управління НКВД. Тільки в Кишиневі після розслідувань, проведених у вересні 1941 року, було виявлено 450 трупів священиків, студентів, старшокласників і робітників. За подвір’ям колишнього приміщення італійського консульства в Кишиневі (вул. Віілор, 97), яке за часів радянської влади стало штаб-квартирою місцевого НКВД, виявлено дві великі та менші ями, в яких були поховані останні жертви НКВД. В результаті розкопок було ексгумовано 85 тіл, з них 15 тіл кинуто в братську могилу. З’ясувалося, що жертв розстрілювали серією і кидали в ями зі зв’язаними руками, а в деяких випадках і з ногами. Подібним чином було виявлено декілька окремих камер у підвалах Митрополичого палацу в Кишиневі, де розміщувався слідчий відділ НКВД. В Ізмаїлі (нині – Україна) у підвалі будинку колишньої штаб-квартири НКВД було виявлено тіла 5 чоловіків віком 45-60 років та жінок 22-23 років. У листопаді 1941 р. поліцейське бюро безпеки міста Четатя-Алба розслідувало злочини радянського режиму в цьому місті та виявило, що органи НКВД заарештовували всіх колишніх чиновників румунського етнічного походження, а також тих, хто живив румунські та антикомуністичні настрої. Частину заарештованих вивезли до СРСР, а тих, хто вважався більш небезпечним для режиму, стратили в місцевій колонії, поховавши тіла вночі на міському кладовищі, розташованому в поблизу колонії. З початку липня 1940 р. до 20 липня 1941 р. було привезено 19 трупів і закопано в 16 ямах.
Арешти та розстріли тривали навіть після 22 червня 1941 р. Так, у ніч з 23 на 24 червня 1941 р. військовий суд, спеціально відряджений з Одеси до Кишинева, спішно розглядав усі справи групи старшокласників Оргеївського повіту, членів Організація Антирадянська «Маджадахонда» Студентська молодь: тих, кому виповнилося 18 років, розстрілювали на місці, а інших відправляли в табори з покаранням від 10 до 25 років.