Депортації стали наймасовішим видом репресій. «Широке охоплення населення» гарантувала налагоджена система контролю: паспортизація всіх громадян та реєстрація актів громадянського стану виключно радянськими органами.
Проголошена необхідність «очистити територію від неблагонадійних елементів» дала змогу комуністичній владі впродовж 1940–1941 рp. здійснити чотири масові депортації: у лютому, квітні, червні 1940 р. й травні – червні 1941 p. До переліку «неблагонадійних» включили всіх симпатиків національного руху, керівництво ліквідованих місцевих економічних, політичних, культурно-освітніх та наукових структур, представників еліти й членів сімей усіх згаданих категорій. Виселення здійснювалося без суду і слідства. Депортованим заборонялося забирати із собою багаж вагою понад 500 кг на сім’ю. Їхні нерухомість, свійські тварини й птиця націоналізовувалися. Дозволено було мати із собою одяг, посуд, дрібні господарські інструменти, гроші та коштовності, валізи чи скрині для транспортування речей.
Із території Західної України вивезли понад 1 млн осіб, що перевищувало 10 % населення; з Північної Буковини та Бессарабії у травні – червні 1941 р. – понад 11 тисяч осіб. Тисячі депортованих чоловіків, жінок, дітей загинули в дорозі й на місцях поселень у Сибіру та на Півночі від знущань, голоду й холоду через суворі природні умови.
Радянська влада репресувала у три-чотири рази більше людей на приєднаних до СРСР територіях, ніж нацисти в німецькій окупаційній зоні, де було майже вдвічі більше населення.